A área de Guaraqueçaba passou por um longo período de isolamento, principalmente devido a seu difícil acesso. No entanto, este quadro tem sido bastante alterado nos últimos 30 anos. Uma estrada foi construída no local para facilitar a entrada de sitiantes, madeireiros, fazendeiros e também para o desenvolvimento do turismo. Em 1995, uma análise das ameaças sofridas em Guaraquaçaba elegeu a criação de búfalos asiáticos como a principal delas. Este tipo de pecuária é maior responsável pelo desmatamento e degradação ambiental que qualquer outro problema analisado na região. As áreas ainda não desmatadas estão sob perigo eminente de desflorestamento ou fortemente prejudicadas por rebanhos de búfalos criados soltos.  

Atividades não sustentáveis como a extração madeireira e de palmito, a caça e pesca predatória e o desmatamento e queima seguidos pela agricultura de subsistência, estão erodindo sistematicamente a base dos recursos e a riqueza das florestas de Guaraqueçaba. Algumas das espécies ameaçadas, como o papagaio-de-cara-roxa, são aprisionadas para serem vendidas como animais de estimação ou simplesmente são caçadas para servirem de alimento. A sedimentação resultante do desmatamento está assoreando os rios e baías locais, dificultando a pesca e a navegação.   

Sem nenhum tipo de supervisão ou controle, estas ameaças podem destruir o que ainda resta da Mata Atlântica, assim como suas espécies animais e vegetais e seu banco genético para remédios e alimentos potenciais, para não mencionar sua beleza espetacular inerente.